Fundación Quiera es donataria autorizada por el Servicio de Administración Tributaria (SAT) y da cumplimiento a los requerimientos aplicables a su labor. El control de gastos de la Fundación se lleva por medio de un presupuesto anual. Los diferentes órganos de gobierno corporativo, junto con la Dirección General, son los encargados de asegurar que los gastos estén alineados al presupuesto establecido.

Inicialmente, el Consejo Consultivo establece un presupuesto anual y verifica que los gastos realizados por la Fundación concuerden con lo aprobado. Además de supervisar y autorizar todos los gastos previos a su pago, la Dirección General trabaja en conjunto con el área de Contabilidad para dar un seguimiento trimestral a la ejecución del presupuesto.